История берет свое начало с февраля 1900 года и связана с именем берлинца Франца Джона и 18 людьми, которые стали первыми из многочисленных игроков клуба. Восхождение клуба началось в 1907 году, когда баварцы переехали в Баварию, а именно – в Мюнхен, на улицу Леопольдштрассе. Местная команда ФК Ваккер первой испытала на себе грядущую силу клуба, проиграв баварцам – 1:8.

Первый успех Баварии – высшее место в мюнхенском футболе, но первым существенным достижением стало чемпионство в Восточном регионе в 1910 году.

В следующем году Бавария защитила свой титул. К тому времени, в рядах клуба играл член национальной сборной. Макс Габлонски, по прозвищу "Габерль", впервые примерил футболку сборной в матче с бельгийцами 16 мая 1910 года, закончившемся поражением 0-3. Вскоре после этого, дела быстро пошли в гору. К 1920 году, Бавария имела в своем распоряжении около 700 членов клуба и стала тем, чем является сейчас – крупнейшим футбольным клубом Мюнхена.

В 1926 году команда выиграла чемпионат Южной Германии, а в 1932 году добилась победы в чемпионате страны, обыграв франкфуртский Айнтрахт – 2:0. В том матче отличились Рор и Крумм, звездами команды были Хайдкампф и Брайндль, а тренером, массажистом, организатором и менеджером в одном лице – Рихард Домби, по прозвищу "Малыш".

Бавария стала известной всей Германии, но после того, как Симетсрайтер, Гольдбруннер и Молль в 1936 году усилили собой олимпийскую сборную Германии, в команде умер футбольный дух. Вскоре разразилась вторая мировая война и спорт в Германии остановился на многие годы.